E' cupa l'atmosfera che si respira al Ministero Babbano: nel giro di pochissimo tempo, una serie di catastrofi sembra abbattersi sul mondo, senza che nessuno sappia darne una spiegazione. Saranno Cornelius Caramell e il nuovo Ministro della Magia, Rufus Scrimgeour, a spiegare al Primo Ministro Babbano che tutto è causato dal ritorno di Lord Voldemort, il quale ha radunato attorno a sè tutte le più efferate creature del mondo magico per provocare morte e distruzione.

In un piccolo e squallido paesino, Narcissa Malfoy e Bellatrix Lestrange vanno a trovare Severus Piton per chiedere il suo aiuto, affinchè protegga suo figlio Draco, scelto dall'Oscuro Signore per portare a termine un compito molto difficile e pericoloso. Per mettere a tacere le insinuazioni di Bellatrix che lo accusa di fare il doppiogioco con l'Oscuro Signore, Piton rivela la sua storia e il tradimento che sta effettuando ai danni di Silente. E' quindi costretto a fare un Voto Infrangibile, un giuramento solenne e indistruttibile, che lo costringerà a proteggere Draco e a portare a compimento lui stesso il compito del ragazzo in caso di fallimento: pena, la morte.

A casa dei suoi zii in Privet Drive, Harry attende l'arrivo di Silente che lo viene a prendere. Dopo aver parlato con i Dursley sul fatto che Harry dovrà tornare ancora una volta in Privet Drive l'estate successiva, dopo aver detto ad Harry di essere l'erede delle proprietà del padrino Sirius Black (ereditando quindi Grimmauld Place n.12, Kreacher e Fierobecco - ribattezzato in Alisecco), Harry e Silente si Materializzano in Budleigh Babberton, un piccolo villaggio magico. Qui devono cercare di convincere Horace Lumacorno, un vecchio professore in pensione, a ritornare a insegnare. La sua casa è sottosopra; sembra che i Mangiamorte abbiano appena fatto visita, ma Silente non è dello stesso parere. Infatti Lumacorno è nascosto sotto le sembianze di una poltrona. Dopo un inizio sfavorevole, Silente e Harry portano a termine la missione: Lumacorno tornerà ad insegnare.

Una volta alla Tana, Harry, su consiglio di Silente, rivela ai suoi due amici i segreti della Profezia e che durante l'anno scolastico prenderà lezioni private da Silente stesso. Alla Tana Harry scopre che Bill, il fratello di Ron, sposerà Fleur Delacour, che i gemelli Fred e George stanno avendo successo col loro negozio di scherzi. Arrivano anche i risultati dei G.U.F.O. ed Harry, nonostante ne abbia conseguiti sette, si rende conto che Piton non gli permetterà mai di accedere al M.A.G.O. in Pozioni e quindi vede svanire il suo sogno di diventare Auror. I tre amici si recano con Hagrid a Diagon Alley, dove assistono ad un incontro sospetto fra il proprietario di Magie Sinister e Draco Malfoy, che Harry sospetta essere diventato un Mangiamorte.

Sul treno per Hogwarts, Harry incontra ancora Lumacorno, il nuovo professore, che ha fondato un gruppo esclusivo di studenti famosi, fra i quali c'è il serpeverde Blaise Zabini. Poco prima di arrivare alla stazione di Hogsmeade, Harry, seguendo Zabini e resosi invisibile, riesce a intrufolarsi nello scompartimento dove ci sono alcuni Serpeverde, fra cui Draco Malfoy, che parlano degli ipotetici piani del Signore Oscuro. Malfoy in qualche modo si accorge della presenza di Harry e, rimasto indietro rispetto agli altri, pietrifica Harry, gli rompe il naso e lo nasconde sotto il mantello dell'invisibilità. Prima che il treno ritorni a Londra, Harry è ritrovato da Tonks, che lo riaccompagna al castello.

Durante il banchetto Harry scopre che Lumacorno insegnerà Pozioni mentre la cattedra di Difesa Contro le Arti Oscure è affidata a Piton. Già dalla prima lezione di Difesa, Piton punisce Harry, che però ha l'opportunità di riscattarsi a Pozioni dove, grazie all'aiuto del libro "Pozioni Avanzate" prestatogli da Lumacorno, appartenuto ad un certo Principe Mezzosangue, riesce a preparare una pozione perfetta, guadagnandosi una boccetta contenete un pò di Felix Felicis, la pozione della Fortuna, una pozione fantastica in grado di portare fortuna a chi la usa.

Arriva il momento per Harry di seguire la prima lezione con Silente, il quale, attraverso il Pensatoio, lo guida in un ricordo che chiarisce ad Harry molti particolari sulle origini famigliari di Voldemort.
Dopo questa esperienza terribile, Harry riesce a passare qualche giorno tranquillo con i suoi amici, e tiene, da capitano, le selezioni per la nuova squadra di Quidditch di Grifondoro, nella quale giocano anche Ginny come cacciatrice e Ron, dopo una difficile sfida con Cormac McLaggen, come portiere.
Questo clima di serenità non è destinato a durare. Harry ed Hermione non fanno altro che litigare a causa del libro del Principe Mezzosangue di cui Harry continua a servirsi e che causa accidentalmente la levitazione di Ron.

Dopo essere riuscito a scansare l'ennesimo invito al Lumaclub, il peggio arriva quando, dopo una giornata ad Hogsmeade in cui Harry scopre Mundugus Fletcher con degli oggetti rubati a Grimmauld Place, Katie Bell tocca una collana maledetta e rimane gravemente ferita. I sospetti di Harry su Draco diventano un chiodo fisso.

Arriva il momento della seconda lezione con Silente, durante la quale i due esaminano un ricordo dello stesso professore: Harry assiste al momento in cui Silente comunica al piccolo Tom Riddle, cresciuto crudele e senza amici in un orfanotrofio, che lo condurrà alla Scuola di Magia e che si prenderà cura di lui.

Il tempo passa ad Hogworts, e il trio ha a che fare con lo studio, il Quidditch e i nuovi amori. Harry infatti nota che nonostante i battibecchi, fra Ron ed Hermione c'è qualcosa di strano, e lui e Ron vedono Ginny e Dean che si baciano. Entrambi sono gelosi ma reagiscono in modo diverso: Harry è assalito dalla voglia di baciare Ginny, mentre Ron si arrabbia moltissimo e durante gli allenamenti gioca da schifo, facendo temere a tutti una dura sconfitta per la partita successiva. Così Harry fa credere a Ron di avergli fatto bere la Felix Felicis per incoraggiarlo e vincono la partita, dopo la quale Ron e Lavanda si mettono insieme. Hermione è furiosa.

I giorni si susseguono fra i litigi di Ron ed Hermione e i tentativi di Harry di rimanere amico di entrambi. Per di più cerca di evitare la corte serragliata di alcune ragazze, fra cui Romilda Vane che cerca di somministrargli una pozione d'amore. Continua a sentirsi sempre più attratto da Ginny, ma è bloccato dal fatto che lei stia con Dean, anche se teme soprattutto la reazione di Ron.

Dopo un party natalizio organizzato da Lumacorno, Harry, ascolta di nascosto una conversazione tra Malfoy e Piton che si offre di aiutare il giovane, ma Draco rifiuta.
Harry trascorre un Natale piuttosto sereno alla Tana, dove mette al corrente il signor Weasley dei suoi sospetti su Malfoy e rifiuta l'offerta del nuovo Primo Ministro, Scrimgeour, di appoggiare il Ministero.

Il ritorno a scuola è reso eccitante dalle imminenti lezioni per sostenere l'esame di Materializzazione, aperto a tutti coloro che compiranno 17 anni entro il 31 agosto.
Oltre alle consuete lezioni, Harry continua a rivedere ricordi con Silente: il più importante appartiene a Lumacorno, e riguarda un Tom Riddle studente che chiede inform azioni circa il funzionamento degli Horcruxes. Il ricordo però è stato modificato da Horace: compito di Harry sarà farsi affidare dal professore di pozioni il vero ricordo.

I primi tentativi di Harry con Lumacorno si rivelano un disastro, e anzi il professore comincia ad evitarlo.
In una lezione di pozioni Harry si distingue per aver usato un bezoar come antidoto per un veleno. Qualche giorno dopo, precisamente al compleanno di Ron, dopo essere andato da Lumacorno per chiedere un antidoto al filtro d'amore che Ron ha assunto accidentalmente, Ron rischia di morire a causa dell'Idromele, inizialmente destinato a Silente, che Lumacorno offre loro. E' solo grazie alla prontezza di Harry se Ron non rimane ucciso.
Costretto in infermeria, Ron è sostituito da McLaggen, che però, invece di giocare come si deve, si preoccupa solo di dare ordini da capitano al posto di Harry, che finisce a sua volta in infermeria a causa di un bolide colpito dal sostituto portiere.
Risvegliatosi in infermeria accanto a Ron, Harry decide di usare Kreacher e Dobby per scoprire le macchinazioni di Malfoy, dato che la mappa del malandrino risulta inutile. Nel frattempo, le cose fra Ginny e Dean non vanno bene, così come quelle fra Ron e Lavanda. Hermione, preoccupata per l'avvelenamento di Ron, fa pace con lui.

Ennesima lezione con Silente: nonostante Harry si senta in colpa per non essersi impegnato molto per prendere il ricordo di Lumacorno, entra in altri due ricordi. Il primo riguarda una vecchia signora che mostra a Tom, garzone di Magie Sinister, i suoi tesori, fra cui il medaglione di Serpeverde. Nel secondo vede Silente negare a Voldemort la cattedra di Difesa Contro le Arti Oscure.

I giorni passano e grazie a Kreacher e Dobby, Harry scopre che Malfoy utilizza la Stanza delle Necessità, nella quale però lui non riesce ad entrare. Nel frattempo, Aragog, da tempo malato, muore ed Harry va al funerale con Lumacorno, dopo aver bevuto un pò di Felix Felicis: dopo essersi ubriacato con Hagrid, Lumacorno finalmente cede e affida ad Harry il vero ricordo riguardante Voldemort e gli Horcruxes. Harry e Silente vedono assieme il ricordo di Lumacorno; Harry scopre che gli Horcruxes sono pezzi della propria anima, che vengono separati e conservati in oggetti, per cui Voldemort sarà immortale fin quando non saranno distrutti tutti i suoi Horcruxes. Silente sospetta che Voldemort ne abbia creati sei, di cui due, sono già andati distrutti. Infine Silente spiega ad Harry l'importanza dell'amore e il vero significato della Profezia.

Nei giorni successivi, Ron lascia Lavanda e Ginny lascia Deann, cosa che rende Harry al culmine della felicità, anche se è ancora frenato da una possibile reazione dell'amico.
Grazie alla mappa del Malandrino, Harry trova un Malfoy distrutto a farsi consolare in un bagno da Mirtilla Malcontenta. Nel momento in cui Draco sta per attaccarlo, Harry gli scaglia contro un incantesimo appuntato dal Principe Mezzosangue su Pozioni Avanzate, Sectumsempra, che però si rivela essere un incantesimo terribile, che fa sanguinare Draco da ferite spuntategli su tutto il corpo. (S)fortunatamente arriva Piton, che salva Malfoy, ma punisce Harry proprio per il giorno della finale di Quidditch.

Hermione intanto sospetta che il Principe Mezzosangue abbia qualcosa di oscuro e scopre l'esistenza di una ex studentessa di nome Prince, e decide di indagare su di lei, anche se Harry e Ron non sono ancora convinti della malvagità del Principe.
Alla finale di Quidditch, Ginny gioca da cercatrice al posto di Harry e Grifondoro vince. Tornato dalla punizione, Harry trova una sala comune in festa per la vittoria, e, in un impeto di euforia, bacia Ginny sotto lo sguardo di tutti i Grifondoro.

Nonostante felicità grande felicità per gli ultimi avvenimenti, è arrivato il momento per Harry di andare con Silente a distruggere l'Horcrux trovato, così si recano in una caverna in riva al mare. Le difese poste dall'Oscuro Signore però, lasciano Silente allo stremo delle forze.
Una volta tornati a Hogsmeade, Silente ed Harry vedono il Marchio Nero aleggiare sulla scuola e, con due scope prese in prestito da Madama Rosmerta, si precipitano ad Hogwarts, dove si sta tenendo una dura battaglia fra i Mangiamorte e i fedeli a Silente.
Atterrati sulla torre, Silente viene colpito da Malfoy con un Expelliarmus, ma riesce a utilizzare il suo ultimo colpo per nascondere Harry. Così bloccato Harry assiste agli eventi successivi senza essere visto.
Mentre Silente e Draco parlano, si scopre che compito del ragazzo è quello di uccidere il preside, che cerca però di convincerlo a passare dalla parte dei buoni assicurandogli protezione anche per la sua famiglia. In un momento di esitazione di Draco, arrivano gli altri Mangiamorte seguiti da Piton, che scaglia un Avada Kedavra contro Silente, facendolo cadere dalla torre.

Nonostante lo sconcerto, Harry si rende conto di riuscire a muoversi e insegue i Mangiamorte nell'ingresso, dove i suoi amici stanno ancora combattendo.
Mentre lo insegue verso i cancelli, Harry scopre che il Principe Mezzosangue è in realtà Piton, che appena fuori i cancelli si smaterializza, portando con se Draco Malfoy.
Harry e Hagrid allora, si recano in un punto del giardino sotto la torre, dove si è radunata una piccola folla: steso per terra, in una posizione scomposta, c'è Silente, morto.
Herry rimane a lungo per terra vicino a Silente, sconvolto, fin quando non si ricorda dell'Horcrux: lo apre e scopre amaramente che non è altro che un falso. L'originale è stato rubato da qualcuno che ha lasciato un messaggio sprezzante per l'Oscuro Signore firmandosi R.A.B.

Ginny accompagna Harry in infermeria, dove tutti sono riuniti attorno al letto di Bill Weasley, sfigurato a vita da un morso dal terribile lupo mannaro Grayback durante la lotta contro i Mangiamorte.
Fleur a questo punto dimostra tutto il suo amore per Bill, mostrandosi più che mai intenzionata a sposarlo e si riconcilia con la signora Weasley.
Nel frattempo Fanny canta una triste melodia per Silente e lascia Hogwarts.

La McGranitt, ormai preside, convoca nel vecchio ufficio di Silente tutti i direttori delle case per decidere sul da farsi, pregando Harry di dirle cosa aveva fatto col Preside. Harry, fedele a Silente fino all'ultimo, si rifiuta di rispondere, assumendosi sulle sue spalle tutta la responsabilità della lotta contro Voldemort.

Al funerale del preside, tutta la scuola è radunata sul lago, insieme a tutti coloro che hanno amato e rispettato Silente durante la vita, per rivolgeregli il loro ultimo saluto prima che compaia una bianca tomba.
Poco dopo il funerale, Harry, certo di quale nero futuro lo attenda per cercare gli Horcruxes e sconfiggere Voldemort, dice a Ginny di non poter stare più insieme a lei, perchè non può permettersi che Voldemort le faccia del male a causa sua.
Poco dopo annuncia a Ron ed Hermione i suoi piani: tornare dai Dursley per l'estate. Nega però un suo ritorno alla scuola di magia: ora il suo unico scopo è trovare gli Horcruxes e compiere la sua battaglia finale contro Voldemort. Ron ed Hermione gli rispondono che nel bene o nel male, rimarranno al suo fianco.