Harry ha ormai tredici anni ed inizia ad opporsi alla tirannia dei Dursley.
Una sera, dopo una settimana di sopportazione estrema di un´ospite sgradita, la zia Marge, Harry perde la testa, gonfiandola come una mongolfiera. Perfettamente consapevole di aver violato la legge dei maghi, fugge di casa.
Raccolto dal Nottetempo viene portato al Paiolo Magico, dove scopre di non essere legalmente in pericolo, ma di esserlo invece fisicamente, a causa dell´evasione dalla prigione dei maghi, Azkaban, di un pericoloso seguace di Voldemort, Sirius Black.
Parte comunque insieme a Ron ed Hermione (che ha acquistato Grattastinchi, un gattone pelosissimo con un´insana passione per Crosta), alla volta di Hogwarts; sul treno hanno la visita spiacevole di un Dissennatore, una guardia di Azkaban, che provoca ad Harry uno svenimento incomprensibile. Arrivati ad Hogwarts scoprono che sono previste nuove materie come Divinazione con la professoressa Cooman e Cura della Creature ;agiche con Hagrid, che c´è un nuovo professore di Difesa Contro le Arti Oscure, R.J.Lupin e che ci sono anche uscite organizzate a Hogsmeade, per le quali il nostro non ha il permesso firmato.
Il nuovo anno inizia quindi con difficoltà per Harry, il quale origliando scopre che l´evaso Sirius è il suo padrino, che custodì il segreto sul vero indirizzo dei Potter, e che passò l´informazione a Voldemort tradendo gli amici. Purtroppo, dopo la caduta di Voldemort, Sirius perdette la testa, uccidendo parecchie persone tra cui l'amico Peter Minus, e per tutto ciò fu spedito ad Azkaban..Naturalmente Harry rimane scioccato dalla verità e giura di vendicarsi di Sirius Black..
Nel frattempo, prende lezioni anti-dissennatore dal professor Lupin, eredita dai fratelli di Ron la Mappa del Malandrino, cerca di scoprire il segreto di Hermione, che tende a sparire e riapparire dalle lezioni, si allena per battere Malfoy e vincere finalmente l´ambita coppa del Quiddich e va ad Hogsmeade con gli amici usando il mantello dell´invisibilità ereditato il primo anno da suo padre e la Mappa.
Un giorno Crosta, il topo di Ron, scompare, e questo causa una furibonda litigata tra Ron ed Hermione, aggravata dal fatto che ad Harry viene regalata, e requisita per colpa di Hermione, una magnifica scopa da corsa: la Firebolt infatti ha preoccupato la ragazza, che teme sia un regalo pericoloso di Black. Fortunatamente viene restituita dopo i test senza danni, e Grifondoro vince la coppa del Quiddich proprio contro Serpeverde.Durante gli esami di fine anno di Divinazione la Cooman entra in trance per avvertire Harry che il traditore quella notte sarebbe tornato da Voldemort. Harry è spaventato, ma non racconta agli amici il fatto perché scopre che, per colpa di Malfoy, l´ippogrifo di Hagrid verrà giustiziato. Il trio decide di andare a sostenere Hagrid, ma ritrovano Crosta e vengono aggrediti da un enorme cane nero. Ron viene agguantato e trascinato in un tunnel che porta ad una casa smessa chiamata la Stamberga Strillante; Harry ed Hermione lo inseguono, ma, arrivati all´interno della casa vedono che Ron ha una gamba rotta e che che il cane è Sirius. Arriva anche Lupin ed i tre amici scoprono che James (padredi Harry), Sirius, Lupin e Peter Minus avevano fondato un gruppo illegale e segreto di animagi per proteggere Lupin che è un lupo manaro, e che il traditore fu Minus e non Sirius. Come prova di quello che raccontano, Sirius e Lupin trasformano davanti ai ragazzi Crosta in Minus. Putroppo arriva anche Piton, che, odiando Sirius, cerca di portarlo dai dissennatori; viene però reso innocuo da un incantesimo del trio, che decide di consegnare Minus a Silente per scagionare finalmente Sirius.
Un attacco dei dissennatori e la luna piena che trasforma Lupin in lupo mannaro però impedisce questo piano. Vengono riportati tutti al castello privi di sensi. Alla fine, Hermione estrae una Giratempo (svelando il suo segreto), che permette ai ragazzi di tornare indietro nel tempo, salvando l´ippogrifo Fierobecco dall´uccisione e facendo scappare Sirius dalla cella e da Hogwarts.
Il giorno dopo Lupin dà le dimissioni con estremo rammarica di Harry ed il nostri tornano a Londra con l´Hogwarts Express; durante il viaggio ricevono una lettera di Sirius ed Harry sente di aver finalmente trovato la figura quasi paterna di cui aveva bisogno.
Premi vinti da "Harry Potter e il Prigioniero di Azkaban"
.Premio Nestlé Smarties Book 1999, Medaglia d'Oro 9-11 anni
.Whitbread Children's Book of the Year 1999
.British Book Awards 1999, Autore dell'anno
.Associazione "The Booksellers" / "The Bookseller" Autore dell'anno, 1999
.FCBG Children's Book Award 1999 / Categoria del romanzo più lungo
.Whitaker's Platinum Book Award 2001
.ALA Notable Book
.Miglior libro dell'anno per "Los Angeles Times", 1999
.Numero 1 nella classifica dei bestsellers del "New York Times"
.Bram Stoker Award; "Lavoro per giovani lettori"
.Colorado Blue Spruce Young Adult Book Award